装上这破玩意儿差点报错
昨儿深夜突然想起来这季要搞一批突变体,摸黑从移动硬盘里翻出Primer Premier 6.0安装包。双击.exe直接弹窗报错,拍着脑门才记起来得先装老古董.NET Framework 3.5。折腾半小时重启电脑,安装进度条卡在99%的时候手都在抖,生怕又得重装系统。
导序列愣是找不到按钮
新建文件那界面跟迷宫似的,顶着俩黑眼圈在菜单栏来回扒拉。发现藏在"File→New→DNA Sequence"第三层,气得我差点摔鼠标。黏贴靶基因序列的时候还犯傻——CTRL+V死活没反应,原来得右键点粘贴图标。行,凌晨三点的智商也就这样了。
引物设置全是坑
点完"Pick Primers"就懵逼了。左边弹出来二十几个参数框,什么Tm值、GC含量跟天书似的。直接按默认设置走一波,结果跑出来的引物活像俩亲兄弟,Tm值差出八度远。第二天跑PCR果然完蛋,条带糊得跟抽象画似的。
- 踩雷1:长度锁定20bp根本不行,手动拖到18-25才正常
- 踩雷2:产物范围填80-150,结果非特异性扩增满板子
- 踩雷3:二级结构预测忘勾选,引物二聚体多出三条带
偷学来的骚操作
蹲实验室看师兄操作才发现玄机:按F3直接调出模板序列比对方框,不用傻乎乎点菜单。更绝的是按住ALT拖鼠标,能暴力修改引物长度,比在参数框输数字快十倍。批量导结果的时候直接Ctrl+Shift+E全选导出,省得一个个右键到手抽筋。
血泪换来的实战参数
鏖战三天终于摸出门道:Tm值必须卡死58℃±2℃,GC含量压在40%-60%黄金档。产物范围别贪心,120bp内最稳当。关键得勾上"Avoid cross homology"防跑偏,二级结构阈值调到-3.5以下,不然机器报错能烦死人。
今天凌晨终于跑出清晰条带,捧着电泳胶差点哭出声。这破软件跟养孩子似的,刚开始天天被它虐得摔键盘,摸透脾气后才发现藏着不少救命快捷键。建议新手直接拿现成参数模板开搞,省得像我这样白赔三盒酶——这玩意可比软件贵多了!